La Comisión Nacional de los Derechos Humanos expresó su desacuerdo con la decisión del Comité contra la Desaparición Forzada de la ONU de llevar el tema ante la Asamblea General. El organismo sostuvo que dicha medida carece de sustento y consideró que reproduce esquemas internacionales que, afirmó, no han generado mejoras reales.
Asimismo, la CNDH criticó a organizaciones civiles que aportaron información al Comité, al señalar que presentan una visión sesgada sobre la situación en México. Indicó que no se valoraron adecuadamente los avances institucionales y las acciones emprendidas en los últimos años para atender el problema de las desapariciones.
El organismo también defendió su labor, al destacar la emisión de recomendaciones y la atención a casos históricos y recientes. Añadió que la participación de instancias internacionales debería considerar primero los mecanismos nacionales, así como el contexto y los esfuerzos del Estado mexicano.